Većina studija o mikrobnoj ekologiji vodenog okoliša usredotočena je na odvojene dijelove vodenog ekosustava. Našim projektom predlažemo opsežnu studiju bakterijske zajednice u vodenom stupcu, sedimentu i ribama kao pokazateljima zdravstvenog stanja vodenog okoliša te njegovih mogućih implikacija na ljudsko zdravlje. Projektom će se istražiti genetska raznolikost bakterijskih izolata u vodenom okolišu, od površine do dna, odnosi između izolata iz okoliša, iz zdravih riba i iz riba s kliničkim simptomima bolesti. Ti podaci su neophodni za predviđanje nastanka bolesti i putova širenja bakterijskih pokazatelja kvalitete vode, kao i potencijalno patogenih bakterija, kako za ribe, tako i za ljude.

Istražit će se profili rezistencije na antimikrobne lijekove, kako bi se utvrdilo potencijalnu vezu između odabranih modelnih bakterija i njihove rezistencije te učinak različitih uzročnika stresa iz okoliša. Strategija radnog plana je primijeniti multidisciplinarni pristup za istraživanje složenog bakterijskog ekosustava u vodenom okolišu Unutar projektnog partnerstva, za rješavanje specifičnih problema u vezi s mikrobnom ekologijom vodenog okoliša identificirana su četiri zadatka:

1. Plan i obrazloženje uzorkovanja,

2. Ribe kao modelni organizmi,

3. Odabrane modelne bakterije i

4. Utjecaj na zdravlje ljudi.

Istraživanje će se provesti korištenjem infrastrukture i stručnosti prisutne u okviru projektnog tima. Projekt će okupiti znanstvena  istraživanja iz trenutno fragmentiranih područja. Ovo će stvoriti osnovu za daljnje djelovanje u prevenciji bolesti i poremećaja zdravlja riba zbog djelovanja uvjetno patogenih bakterija. Poboljšana održivost okoliša će poboljšati ukupnu ekonomsku održivost sektora akvakulture. To će biti od velikog interesa za širu javnost, proizvođače, potrošače riba i ribljih proizvoda, kao i kreatore i izvršitelje zakona.