Alfa satelitska DNA u evoluciji mreža genske modulacije
Glavni istraživač
Đ
U
Satelitske DNA su uzastopno ponovljene sekvence koje se preferencijalno grupiraju unutar konstitutivnog heterokromatina. Međutim, u nekim slučajevima, one su djelomično raspršene u blizini gena unutar eukromatina. Smatra se da su takva mješovita organizacija i uzajamno djelovanje između satelitskih ponavljanja unutar heterokromatina i eukromatina odgovorni za učinak satelitske DNA na modulaciju ekspresije gena koja je prvi put pokazana u kukcu Tribolium castaneum. Primarni cilj predloženog projekta je istražiti ulogu ljudske alfa satelitske DNA u modulaciji genske ekspresije. Alfa satelitska DNA je glavna ljudska satelitska DNA smještena u (peri)centromernim područjima svih ljudskih kromosoma, a zajednička je svim primatima. Pored (peri)centromernog položaja, bioinformatička pretraga ljudskog genoma otkriva alfa satelitska ponavljanja raspršena unutar eukromatina, uz gene, i ukazuje na sličnu genomsku organizaciju glavnog satelita kukca Tribolium castaneum i alfa satelitske DNA. Na temelju ovog zapažanja može se pretpostaviti da alfa satelitski transkripti mogu potaknuti epigenetski mehanizam koji modificira kromatin na raspršenim alfa satelitskim ponavljanjima, što dovodi do promjena u ekspresiji obližnjih gena. Koristeći eksperimentalni pristup, planiramo istražiti utjecaj glavne ljudske alfa satelitske DNA na ekspresiju susjednih gena, kao i molekularni mehanizam njenog modulatornog djelovanja na gene. Osim toga, izvršit će se bioinformatička analiza i usporedba alfa satelitskih ponavljanja raspršenih unutar eukromatina svih sekvenciranih genoma primata kao i karakterizacija njima susjednih gena. Na temelju dobivenih podataka očekujemo da ćemo otkriti moguću ulogu alfa satelitske DNA u fiziologiji i evoluciji mreža genske modulacije u primata.