Zahvaljujući velikom broju potencijalnih mentora i kvalificiranih istraživača te relativno suvremenoj istraživačkoj opremi, IRB najboljim studentima s hrvatskih sveučilišta predstavlja atraktivno mjesto za doktorski rad, čime se osigurava priljev kvalitetnih doktorskih studenata.

IRB je u suradnji s pojedinim sveučilištima u Hrvatskoj pokrenuo veći broj doktorskih i specijalističkih studija na temelju sporazuma s različitim sveučilištima u Hrvatskoj, a znanstvenici IRB-a aktivno sudjeluju i u izvođenju dodiplomske nastave.

Daleko najjača suradnja je sa Sveučilištem u Zagrebu s kojim je formalni sporazum o suradnji potpisan 2007. godine. Prednjači nastava na Prirodoslovno-matematičkom fakultetu, te fakultetom elektronike i računarstva, Agronomskim i Medicinskim fakultetom. U suradnji sa Sveučilištem Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, 2002. godine pokrenut je interdisciplinarni poslijediplomski studij “Zaštita prirode i okoliša” koji od 2008. godine djeluje kao doktorski i specijalistički studij, a studij prosječno godišnje upisuje 10 polaznika na doktorskom, odnosno 15 na specijalističkom studiju.

Zajednički poslijediplomski, interdisciplinarni doktorski studij Molekularne bio-znanosti IRB je pokrenuo u suradnji sa Sveučilištem Josipa Jurja Strossmayera i Sveučilištem u Dubrovniku 2006. godine, a studij godišnje upisuje prosječno 40 studenata.

U suradnji sa Sveučilištima u Splitu, Dubrovniku i Zadru, IRB je 2006. godine pokrenuo poslijediplomski doktorski studij Biologija novotvorina, a na osnovu dogovora o suradnji s Medicinskim fakultetom Sveučilišta u Zagrebu IRB sudjeluje u doktorskom poslijediplomskom studiju Biomedicina i zdravstvo, te u doktorskom studiju iz Neuroznanosti.

Na osnovu sporazuma o međusobnoj suradnji s PMF-om Sveučilišta u Zagrebu, Institutom za more i priobalje Sveučilišta u Dubrovniku i Institutom za oceanografiju i ribarstvo u Splitu, Institut Ruđer Bošković sudjeluje u  zajedničkom izvođenju interdisciplinarnog poslijediplomskog sveučilišnog studija iz oceanologije od 2006. godine. 2010. g. IRB je sa Sveučilištem u Splitu pokrenuo zajednički doktorski studij Kemija mediteranskog okoliša.

Temeljem ugovora o suradnji  potpisanim 2007. g. sa  Sveučilištem Jurja Dobrile u Puli, Institut Ruđer Bošković organizira Sveučilišni preddiplomski studij Znanost o moru, a znanstvenici IRB-a na tom studiju ukupno predaju 72 kolegija. Iste godine potpisan je i sporazum sa Sveučilištem u Rijeci za pokretanje, preddiplomskog, diplomskog i doktorskog studija u području medicinske kemije. Prvi dio tog zajedničkog studija, Prediplomski sveučilišni studij - Biotehnologija i istraživanje lijekova, na Odjelu za biotehnologiju Sveučilišta u Rijeci, školske godine 2009/2010 upisalo je 40 studenata. Valja posebno istaknuti da su u proteklom razdoblju u nastavu bili uključeni i znanstveni novaci instituta i to poglavito u vođenje praktikuma, laboratorijskih vježbi i seminara. Od 2006. do 2010. godine 89 znanstvenih novaka IRB-a sudjelovalo je u izvođenju 116 kolegija i to 58 kolegija na preddiplomskom stupnju nastave, 33 kolegija na diplomskim studijima i 25 kolegija na doktorskim i specijalističkim studijima.

Važno je istaknuti da je još davne 1957. godine na IRB-u pokrenut prvi postdiplomski studij iz područja prirodnih znanosti u bivšoj Jugoslaviji. Vizija IRB-a je u sljedećih 5.-10. godina postati nacionalni i regionalni centar za poslijediplomsko obrazovanje iz pojedinih smjerova znanstvene djelatnosti Instituta. Kadrovski i infrastrukturni resursi Instituta bit će usmjereni na osnivanje međunarodnih doktorskih studija na engleskom jeziku, uz vodeću ulogu znanstvenika IRB-a, ali i suradnju s kolegama s domaćih i inozemnih sveučilišta i znanstvenih instituta. Pored vlastitih studija, IRB će sudjelovati kao ravnopravan partner sveučilištima u RH i inozemstvu na zajedničkim dodiplomskim i doktorskim studijima.