More predstavlja vrlo složen ekosustav u kojem mikroorganizmi igraju važnu ulogu u biogeokemijskim procesima i u kruženju tvari. U morskom ekosustavu žive predstavnici svih skupina mikroorganizama, uključujući viruse, autotrofne i heterotrofne prokariote (bakterije i cijanobakterije), te autotrofne i heterotrofne eukariote (alge, fagotrofne protiste, filamentozne gljive i kvasce). Bakterije predstavljaju uz viruse najbrojniju i najznačajniji mikrobnu grupu. Radi utvrđivanja uloge bakterija u morskoj biogeokemiji nužno je poznavanje njihove taksonomije te njihove vremenske i prostorne rasprostranjenosti. Metodama klasične mikrobiologije (uzgoj na hranjivim podlogama) dobiva se uglavnom djelomični uvid u realnu sliku u tom složenom sustavu. U posljednjih 20-tak godina, razvoj molekularne mikrobiologije, naročito metoda koje su neovisne o uzgojivosti te epifluorescentne mikroskopije, u mnogočemu je pomogao razjašnjavanju njihove uloge. Mnoge se nove vrste i dalje opisuju i neočekivana fiziološka i biokemijska svojstva se utvrđuju. Obzirom na sve veću raspoloživost potpunih sekvenca genoma različitih vrsta bakterija izoliranih iz morske okoline i dostupnost novih tehnologija za globalnu analizu genoma, transkriptoma i proteoma otvorene su nove mogućnosti u istraživanju složenih sustava kao što je more. Jadransko more predstavlja jedno od najočuvanijih bioloških rezervata na Sredozemlju, ali još uvijek je njegova mikrobna raznolikost neotkrivena. Tijekom predloženog projekta utvrditi će se vremenska i prostorna distribucija bakterija u Jadranu te njihovu uloga u geokemijskim procesima. S druge strane želimo proučiti genetičke osnove koji uvjetuju adaptivne razlike pojedinih vrsta bakterija u toj sredini. Radi postizanja ovog cilja primjeniti će se nove tehnologije analize metagenoma i metatranskriptoma. Ciljevi su nam također utvrditi moguću biotehnološku primjenu izoliranih bakterija i stvaranje zbirke koja je osnova za poznavanje i očuvanje mikrobne raznolikosti Jadranskog mora.