Genomika i epigenomika holocentromera u nematoda Meloidogyne
Centromera je kompleksni kromosomski lokus koji ima jednu od najvažnijih uloga u procesu segregacije kromosoma. Abnormalnosti u ovoj regiji uzrokuju brojne poremećaje poput stanične smrti, aneuploidije, neplodnosti i raka. Iako centromere imaju očuvanu funkciju, histon H3 specifičan za centromere (CenH3) i centromerna DNA brzo se mijenjaju. Dok većina eukariota ima jednu regionalnu centromeru, neke biljne i životinjske vrste imaju holocentromere raspoređene na više mjesta duž kromosoma. Organizacija genoma i sastav kromatina holocentričnih kromosoma slabo su poznati. Naši prethodni rezultati upućuju na jedinstvenu organizaciju holocentromera u formi klastera i dupliciranje CenH3 gena specifičnog za centromere u mitotičkim i mejotičkim nematodama roda Meloidogyne. Prvi cilj ovog prijedloga je istražiti linearnu organizaciju, genomsku dinamiku i okolinu holocentromera u vrsti Meloidogyne incognita i njezinim srodnicima, korištenjem novih genomskih sklopova sekvenciranih dugim očitanjima. Pojavljivanje dva CenH3 paraloga u mejotičkim vrstama Meloidogyne ukazuje na mogućnost subfunkcionalizacije CenH3 paraloga. U tom smislu, drugi cilj ovog projekta je otkriti pretpostavljenu razliku između strukture holocentričnog CenH3 kromatina u mitozi i mejozi kod mejotičkih vrsta roda Meloidogyne. Moguća subspecijalizacija CenH3 za mitozu i mejozu kod vrsta Meloidogyne pruža jedinstvenu priliku za razumijevanje funkcija CenH3 u centromere. Osim istraživanja genomskih i epigenomskih karakteristika holocentromera, naša će studija također rasvijetliti moguće aspekate arhitekture i evolucije genoma koji su pod utjecajem organizacije ovih neobičnih centromera.