Većina studija o mikrobnoj ekologiji vodenog okoliša usredotočena je na odvojene dijelove vodenog ekosustava. našim projektom predlažemo opsežnu studiju bakterijske zajednice u vodenom stupcu, sedimentu i ribama kao pokazateljima zdravstvenog stanja vodenog okoliša i njegovih mogućih implikacija na ljudsko zdravlje. Projektom se nastoji istražiti genetsku raznolikost bakterijskih izolata u vodenom okolišu, od površine do dna, odnose između izolata iz okoliša, onih iz zdravih riba i onih iz riba s kliničkim simptomima bolesti. Ovi podaci su neophodni za predviđanje nastanka i putova širenja bakterijskih pokazatelja kvalitete vode, kao i potencijalno patogenih bakterija, kako za ribe, tako i za ljude. Istražit će se profili rezistencije na antimikrobne lijekove, kako bi se utvrdilo potencijalnu vezu između odabranih modelnih bakterija i njihove rezistencije te učinak različitih uzročnika stresa iz okoliša. Cjelokupna strategija radnog plana je primijeniti multidisciplinarni pristup za istraživanje složenog bakterijskog ekosustava u vodenom okolišu (vidi Sliku 1). Unutar trenutnog partnerstva, četiri zadatka su identificirana, za rješavanje specifičnih problema u vezi s mikrobnom ekologijom vodenog okoliša: 1. Plan i obrazloženje uzorkovanja, 2. Ribe kao modelni organizmi, 3. Odabrane modelne bakterije i 4. Utjecaj na zdravlje ljudi. Istraživanje će se provesti korištenjem infrastrukture i stručnosti prisutne u okviru konzorcija. Projekt će okupiti state of the art istraživanja iz trenutno fragmentiranih područja. Ovo će stvoriti osnovu za daljnje djelovanje u prevenciji bolesti i poremećaja zdravlja riba zbog djelovanja uvjetno patogenih bakterija. Poboljšana održivost okoliša će poboljšati ukupnu ekonomsku održivost sektora akvakulture. To će biti od velikog interesa za širu javnost, proizvođače, potrošače riba i ribljih proizvoda, kao i kreatore i izvršitelje zakona.