Obogaćivanje hrvatskog istraživačkog sustava metodologijom za analizu ekspresije RNA s 5'-GTP-kapom kao antitumorskih meta (CroAGE)
Glavni istraživač
Integrirajući raznolike stanične signale, promotori usklađuju ekspresiju, tj. transkripciju gena. Kao takve, ove genske regije ključne su za pravilan razvoj i zdravlje organizama, kao što su i njihove mutirane inačice presudne za rast i širenje tumora. Međutim, detalje arhitekture promotora, kao i načine na koji ih tumori prekrajaju, moguće je ispitati samo primjenom novih genomičkih strategija, jedna od kojih je u hrvatskom istraživačkom prostoru za sada neimplementirana tehnologija za analizu ekspresije RNA s 5'-GTP-kapom (engl. cap analysis of gene expression, CAGE). Ova metoda, danas primjenjivana samo u nekolicini vrhunskih istraživačkih skupina u svijetu, identificira pojedinačni nukleotid na kojem započinje transkripcija, čime nenadmašno rasvjetljava dinamiku rada promotora. Surađujući s uglednim zapadnoeuropskim istraživačkim grupama, u ovom ćemo projektu utemeljiti hrvatsku istraživačku skupinu koja provodi CAGE metodu te primjenom strojnog učenja razviti nove genomičke algoritme za obradu dobivenih podataka. Primjenom ove metode na uzorcima riba i vodozemaca, npr. uzorcima ribe zebrice, zapadne pandžaste žabe i aksolotla, te njihovom usporedbom s dostupnim podacima za sisavce i ljudske tumore, razotkrit ćemo sveobuhvatna pravila evolucije promotora kralježnjaka i obrasce kojim ih tumori iskrivljuju, a time i nove antitumorske mete. Konačno, provođenjem analize tržišta i studije izvedivosti, razmotrit ćemo tržišnu spremnost novouspostavljenih resursa.