Morski okoliši danas su kontinuirano podvrgnuti snažnim utjecajima višestrukih antropogenih pritisaka. U svrhu očuvanja ekosustava Sredozemlja i Jadrana, kao nosioca iznimne biološke raznolikosti, Mediteranske zemlje potpisale su stoga niz inicijativa i Direktiva. Kombinirajući i integrirajući različite pristupe koje proizlaze iz potisanih inicijativa, učinjeni su znatni pomaci za očuvanje ovih ekosustava, no ipak, programi zaštite morskog okoliša još uvijek se suočavaju s mnogim izazovima. MicroLink projekt usmjeren je na istraživanje mikrobne komponente morskih ekosustava, potpuno zanemarene u kontekstu Direktiva, a vođen je idejom da upravo mikrobne zajednice mogu ponuditi rješenje za neke od izazova programa zaštite morskih ekosustava: (i) izazov utvrđivanja utjecaja višestrukih stresora na stanje morskog okoliša, (ii) mogućnost nadogradnje postojećih bioloških pokazatelja uvođenja “novih” indikatorskih elemenata, (iii) potencijal korištenja brzih i pouzdanih suvremenih molekularnih alata pri procjeni stanja okoliša te (iv) problem vezan uz procjenu stanja bentoske komponente ekosustava. Mikroorganizmi čine dominantnu frakciju morskih ekosustava te igraju ključnu ulogu u biogeokemijskim ciklusima kruženjima stoga je neminovno da će promjene inducirane na razini ovih zajednica imati jak utjecaj na cjelokupnu hranidbenu mrežu. MicroLink je zamišljen kao multidisciplinarni projekt inovativnog pristupa koji integrira istraživanje mikrobnih zajednica na 4 različite trofičke razine (bakterije, arheje, gljive i virusi) koristeći 4 metodološka pristupa dajući nam uvid u ponašanje i dinamiku mikrobnih zajednica u zonama pod snažnim pritiscima ljudskih aktivnosti. Ovim projektom planira se odgovoriti na otvoreno pitanje o važnosti te doprinosu praćenja mikrobnih zajednica pri postizanju Dobrog Stanja Okoliša (DSO) time predstavljajući prvi korak pri potencijalnoj integraciji mikrobnih pokazatelja na listu bioloških pokazatelja ekološkog stanja morskog okoliša.