Genetičari s IRB-a identificirali su prisutnost omikron varijante koronavirusa
Znanstveni tim Laboratorija za naprednu genomiku Instituta Ruđer Bošković (IRB), pod vodstvom dr. sc. Olivera Vugreka, identificirao je prisutnost omikron varijante u Hrvatskoj. Naime, ciljano sekvenciranje SARS-CoV-2 pozitivnog uzorka potvrdilo je ključne mutacije koji su prisutne u omikorn varijanti koronavirusa B.1.1.529.
Potencijalno pozitivan uzorak na prisutnost virusa SARS-CoV-2 prikupila je 1. prosinca 2021. godine Poliklinika Medikol u sklopu PCR testiranja.
Osoba koja je pristupila testiranju izrazila je sumnju na mogućnost zaraze novom varijantom koronavirusa omikron, zbog ostvarenog kontakta s osobom iz Južnoafričke Republike.
Njenom je privolom uzorak upućen u daljnju obradu u Laboratorij za naprednu genomiku IRB-a.
''RT-PCR analiza prikupljenog uzorka ukazala je na određena odstupanja u odnosu na dosadašnje analizirane uzorke. Sekvenciranjem ključnih regija izoliranog SARS-CoV-2 genoma dokazana je prisutnost mutacija karakterističnih za novu varijantu SARS-CoV-2 omikron. Analizirano je sveukupno 28 mutacija u proteinu S (Spike) te 6 mutacija u proteinu N (nukleokapsidni protein). Sve analizirane mutacije identificirane su u prikupljenom uzorku sa stopostotnim podudaranjem,'' objašnjava dr. Vugrek
Detektirane mutacije:
- S: A67V, H69-, V70-, T95I, G142-, V143-, Y144-, Y145D, N211-, L212I, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, H655Y, N679K, P681H, Q954H, N969K, L981F
- N: P13L, E31-, R32-, S33-, R203K, G204R
U pripremi uzorka za sekvenciranje sudjelovali su doktorandi Filip Rokić i Ena Šimunić, te stručna suradnica Silvia Mohorić, dr. med. Uzorci su sekvencirani na instrumentu ABI Prism 3100, u suradnji s dr. sc. Helenom Ćetković, voditeljicom Laboratorija za molekularnu genetiku i članicom laboratorija dr. sc. Nikolinom Škrobot Vidaček. Sekvence SARS-CoV-2 omikron analizirao je dr. sc. Oliver Vugrek.
Institut je o ovim rezultatima obavijestio Hrvatski zavod za javno zdravstvo i Ministarstvo zdravstva koji su danas potvrdili ove rezulte te obavijestili javnost.