Znanstvena suradnica postala je 1968, viša znanstvena suradnica 1976, a znanstvena savjetnica 1981. Reizabrana je 1998. godine u trajno zvanje znanstvene savjetnice, u kojem je bila do umirovljenja 2004. U zvanje zaslužne znanstvenice izabrana je 2005.

Nagrađena je 1971. Državnom nagradom "Ruđer Bošković", 1997. nagradom HAZU te 2010. Republičkom nagradom za životno djelo i 2011. nagradom Instituta Ruđer Bošković. Dobitnica je i "DAAD-visiting science award" za 2000. i 2005. Članica je European Academy of Sciences, Bruxelles od 2003.

Boravila je u nekoliko navrata na usavršavanju u inozemstvu: 1972. na Svučilištu u Uppsali u grupi prof. Ivara Olafssona, proučavajući prirodu vodikovih veza; 1976/77. u Medical Foundation of Buffalo, u grupi Nobelovca Herberta Hauptmana, kako bi se upoznala s primjenom direktnih metoda za određivanje strukturnih faktora u rješavanju kristalnih struktura bioloških molekula. Za vrijeme boravka u grupi prof. Jana Kroona u Bijvoet centru za biomolekularno istraživanje Sveučilišta u Utrechtu 1983/84. upoznala se je s metodama molekularnog modeliranja.

Uslijedio je boravak 1988. na sinkrotronu DESY u Hamburgu u grupi Nobelovke Ade Yonath, gdje se upoznala s metodama biološke kristalografije makromolekula, kriotehnikama, te korištenjem sinkrotrona. Uvođenjem direktnih metoda u kristalografiji i korištenjem moćnijih računala pokrenula je istraživanje kristalnih i molekularnih struktura prirodnih spojeva, organskih i biološki aktivnih spojeva (naročito biljnog hormona rasta auksina) i farmaka. Izučavanje konformacijske stabilnosti organskih i bioloških molekula računalnim (molekularna dinamika) i eksperimentalnim metodama (rendgenska analiza i spektroskopske metode) bio je temelj u uspostavljanju odnosa strukture i svojstava molekula i studija mehanizama kemijskih i bioloških reakcija, što je uvelike afirmiralo kemijsku kristalografiju u našoj sredini.

Stečeno znanje i iskustvo bili su ulog za 29-godišnji projekt s farmaceuskom tvrtkom Pliva. Velik podsticaj tom istraživanju bio je veći broj međunarodnih projekata među kojima je bio značajan onaj Europske Zajednice 1991/94, kojem je dr. sc. B. Kojić-Prodić bila koordinator i glavni istraživač. 

Također je praćen odnos strukture i fizičko-kemijskih i bioloških svojstava auksina u suradnji s dr. Volkerom Magnusom. Priznanje za taj rad bio je poziv za pisanje preglednog članka o auksinima u Encyclopedia of Agrochemicals u izdanju Wileya 2002. Za interdisciplinarni pristup izučavanju auksina dobiveno je priznanje američkog ministarstva poljoprivrede (USDA) 1993. Napredak tog istraživanja bio je podstaknut četverogodišnjim projektom s National Science Foundation.

Usmjeravanje interdisciplinarnim istraživanjima bila je podloga za početak proteinske kristalografije, koja je započeta studijem enzima i biokatalize podpomognuto financiranjem zaklade Volkswagen 1997/2000. Vezano uz razumijevanje enzimske katalize i mnoge bitne biološke procese, u najnovije vrijeme, znanstveni interes dr. Biserke Kojić-Prodić usmjeren je izučavanju pojave prijenosa protona i elektrona te manje poznatih interakcija karakterističnih za kinoidne sustave, što je među ostalim i temelj za pripravu novih funkcionlanih materijala.

Godine 1997. osnovala je na IRB-u Laboratorij za kemijsku i biološku kristalografiju, koji objedinjuje stručnjake različitih profila, što je nužan uvjet za odvijanje interdisciplinarnih istraživanja. Tijekom svog istraživanja vodila je trinaest međunarodnih i četiri domaća projekta.

Nastavna aktivnost vezana je uz poslijediplomske studije na Prirodoslovno-matematičkom fakultetu u Zagrebu, Biokemijsko-farmaceutskom fakultetu te na redovnom studiju Likovne akademije, Odsjek za restauriranje i konzerviranje umjetnina. Bila je mentorica 12 doktorskih, 8 magistarskih i 9 diplomskih radova.

Za potrebe medicinske dijagnostike odredila je standarde za analizu bubrežnih i žučnih kamenaca metodom rendgenske difrakcije. Metode rendgenske difrakcije, optičke mikroskopije, IR spektroskopije i kemijskih testova primijenila je za karakterizaciju biominerala i arheoloških uzoraka.

Od važnijih stručno-društvenih zaduženja bila je zamjenica prorektora za znanost Sveučilišta u Zagrebu 1986/88. predsjednica (1985/87.) i dopredsjednica (1981/83.) Znanstvenog vijeća IRB-a. U razdoblju 1981/83. bila je dopredsjednica Izbornog tijela kemije IRB-a. Ranih 90-tih godina putem suradnje s Istraživačkim centrom u Jülichu i tamošnjom knjižnicom pokrenula je s predstojnicom naše biblioteke suradnju koja je omogućila pokretanje kompjuterizacije knjižnice IRB-a.

Bila je voditeljica Nacionalnog centra pridruženog Cambridge Crystallographic Data Centre, u okviru kojeg je ostvarena implementacija baze Cambridge Structural Database i diseminacija baze od 1985-2007. Bila je članica Komisije za kemijsku kristalografiju u okviru Međunarodne kristalografske unije u razdoblju 1989/98. Djeluje kao suurednica međunarodnog časopisa Acta Crystallographica i recenzent međunarodnih časopisa. Održala je veći broj pozvanih predavanja na međunarodnim i domaćim znanstvenim skupovima.

Bibliografija Biserke Kojić-Prodić obuhvaća više od 280 znanstvenih publikacija i pohranjena je u bazi CROSBI.