U Institutu Ruđer Bošković zaposlen je od 1972. godine, a tamo je u trajno zvanje znanstvenog savjetnika izabran 2004. godine. Dobitnik je prestižne republičke nagrade ''Ruđer Bošković'' za istaknuto znanstveno djelo iz područja modulacije spektara elektronske paramagnetske rezonancije za 1986. godinu. Nakon umirovljenja 2014. godine izabran je u počasno zvanje Zaslužni znanstvenik Instituta Ruđer Bošković.

Dr. sc. Boris Rakvin stekao je svjetski ugled znanstvenom djelatnošću u Institutu Ruđer Bošković gdje je tijekom svojeg radnog vijeka uveo je i razvio nekoliko prestižnih smjerova i novih problematika istraživanja materijala metodom elektronske paramagnetske rezonancije (EPR) te time pridonio razvoju same EPR spektroskopije. To se posebice odnosi na: otkriće modulacijskog spektra u EPR spektroskopiji i njegovu primjenu, detekciju i istraživanja supravodljivih faznih prijelaza, istraživanje feroelektrika s vodikovom vezom, poboljšanje osjetljivosti EPR/alaninske dozimetrije i istraživanja jednomolekularnih magneta.

Dr. sc. Boris Rakvin do danas je objavio 156 znanstvenih radova od kojih su 134 su objavljena u časopisima koje indeksira baza Current Contents. Do trenutka pisanja ovog životopisa njegovi radovi citirani su 1272 puta. Od ukupnog broja radova više od 75% objavljeno je u časopisima s nadprosječnim faktorom utjecaja u području. Također se može zapaziti i znatna citiranost u stručnim knjigama iz EPR spektroskopije i visokotemperaturne supravodljivosti.

Posljedoktorsko usavršavanje proveo je na sveučulištima Alabama (1981-1982) i West Virginia (1985-1986) u SAD-u, a kao gostujući znanstvenik dr.sc. Boris Rakvin bio je na istaknutim znanstvenim institucijama (West Virginia University, Morgantown, WV, i Florida State University, Tallahassee, Florida, SAD, Universität Regensburg, i Universität des Saarlandes, Homburg/Sarr, Njemačka, Institut ''Jozef Stefan'', Ljubljana, Slovenija, Institute of Materials Science NCSR „Demokritos“, Atena, Grčka i Max-Planck Institutu, Mulheim an der Ruhr, Njemačka) gdje je surađivao s istaknutim znanstvenicima u području EPR spektroskopije, što je rezultiralo objavljivanjem zajedničkih znanstvenih radova.

Dr. sc. Boris Rakvin je veliki dio svoje znanstvene karijere posvetio uvođenju novih instrumentalnih metoda i tehnika za karakterizaciju magnetizma u materijalu. Uveo je impulsnu EPR spektroskopiju u Hrvatsku pa Institut Ruđer Bošković jedini u području jugoistočne Europe posjeduje impulsni EPR spektrometar.

Nastavna aktivnost dr. sc. Borisa Rakvina započinje 1994. i traje do danas. Godine 1997. godine izabran je za naslovnog redovitog profesora Sveučilišta u Zagrebu. Od 1994. do 2006. je sudjelovao u nastavi kao naslovni redovni profesor i v.d. pročelnika Zavoda za fiziku na Veterinarskom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu. U tom razdoblju uveo je nove kolegije, 2000. godine Osnove fizike za dijagnostičke metode i 2005. godine Odabrana poglavlja biomedicinske fizike za veterinare. Prepoznavanje važnosti takvog kolegija poput Osnova fizike za dijagnostičke metode ogleda se u činjenici da je sličan kolegij nakon Veterinarskog fakulteta uveden i na Medicinskom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu gdje se i danas predaje. Na poslijediplomskom studiju vodio je kolegij Biofizika i instrumentalna tehnika.

Trenutačno, na poslijediplomskom studiju Biofizike Sveučilišta u Splitu predaje kolegij Eksperimentalne metode fizike u biofizici II, na poslijediplomskom studiju Prirodoslovno-matematičkog fakulteta predaje kolegij EPR spektroskopija, a Osnove metoda magnetske rezonancije na poslijediplomskom interdisciplinarnom doktorskom studiju Molekularne bioznanosti (MOBI) što ga zajednički izvode Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Sveučilište u Dubrovniku i Institut Ruđer Bošković.

Tijekom uspješne znanstvene karijere dr. sc. Boris Rakvin djeluje i kao recenzent projekata i programa za Ministarstvo znanosti i tehnologije, MZOŠ, Slovensko Ministarstvo Znanosti, Slovensku znanstvenu agenciju, Austrijski znanstveni fond, Češki znanstveni fond, Znanstveni fond University of Antwerp, Belgija i kao recenzent za više uglednih međunarodnih časopisa kao što su Phys. Rev. B., J. Phys., Cond. Matter, Chem. Phys. Lett., J. Magn. Reson., Appl. Magn. Reson., Spectrochim Acta, Croat. Chem. Acta, Fizika i drugi.

Na Institutu Ruđer Bošković obavljao je niz važnih funkcija kao što su voditelj Laboratorija za magnetske rezonancije, predsjednik Znanstvenog Vijeća OOUR-a FEP, član i predsjednik Odbora za NMR, zamjenik predsjednika Znanstvenog Vijeća IRB-a, bio je dugogodišnji član Znanstvenog vijeća IRB-a kao predstavnik Zavoda za fizičku kemiju. Od 2013. je član i zamjenik predsjednika Matičnog odbora za područje prirodnih znanosti-polje fizike.