Ruđerovim znanstvenicima na raspolaganju je preko dva milijuna kuna za suvremena istraživanja u biomedicini, nanotehnologiji, kemiji i ekologiji. Riječ je o inovativnim i visoko komercijalnim projektima koji bi trebali doprinijeti razvoju novih proizvoda, usluga i tehnoloških procesa kao što su razvoj metode za otkrivanje novih potencijalno patogenih virusa, otkrivanje mikotoksina u hrani i okolišu, ranu detekciju biljega Alzheimerove bolesti, ili pak razvoj prototipa multifunkcionalnih nanočestica za primjenu u industriji.