Stupanj metiliranosti promotora važan je epigenetički regulator aktivnosti gena. Iako u zloćudnim tumorima postoji globalna hipometilacija DNA, promotori tumor supresorskih gena su, u pravilu, hipermetilirani i stoga utišani. Najbolji model za izučavanje metilacije - regulatornog mehanizma transkripcije, su upisani geni koji se uvijek ispoljavaju samo s jednog roditeljskog alela. Enzim ključan za uspostavu i održavanje obrasca metilacije je DNA metiltransferaza tipa 1 (DNMT1). Nekovalentno vezanje polimera ADP-riboza nastalih automodifikacijom poli (ADP-riboza) polimeraze (PARP-1) umanjuje DNMT1 katalitičku aktivnost. Substrat enzima PARP-1, nikotinamid adenin dinukleotid (NAD), se de novo sintetizira u kinureninskom putu razgradnje triptofana. Ključan enzim u ovom procesu je indolamin 2,3 dioksigenaza (IDO), čija je aktivnost u tumorima povećana djelovanjem interferona gama, što u tkivu tumora izaziva anergiju T-limfocita. Dodatno, automodifikacija PARP-1 povećava ekspresiju gena za inducibilnu sintazu dušičnog oksida (iNOS), smanjenjem metilacije njegovog promotora. Cilj projekta je, a ujedno i njegova važnost, razumijevanje funkcionalnih veza između lokalno promijenjenog imunološkog odgovora i genomskog upisa upisanih gena na kromosmu 11: IGF-2, H19, CDKN1, LIT1 i KCQ1 - u zloćudnim tumorima glave i vrata čovjeka. Očekivani krajnji rezultat je uspostava uzročno-posljedične veze između ispoljenosti gena/aktivnosti proteina uključenih u lokalno promijenjen imunološki odgovor i poremećaja genomskog upisa, odnosno otkrivanje epigenetičnih promjena koje utječu na aktivnost gena, kao i mehanizama koji bi im mogli prethoditi. Konačni zaključci temeljit će se na pokusima u kojima će se, u tkivima tumora i pripadajućeg tkiva netumora, na razini RNA i proteina mjeriti aktivnost: IDO, iNOS, PARP-1, IGF-2, H19, CDKN1, LIT1 i KCQ1, određivati gubitak heterozigotnosti za gene H19, CDKN1, CTCF i PARP-1 te gubitak genomskog upisa za upisane gene. U serumu će se određivati razina triptofana i NO, a na staničnim kulturama makrofaga istražiti uloga triptofana u regulaciji aktivnosti iNOS. Rezultati će se provjeravati na nekoliko razina, komplementarno – DNA-RNA-protein, ali i korištenjem nekoliko metoda, u logičnim sljedovima, za dobivanje iste skupine rezultata (na razini mRNA: RT-PCR, kvantitativni PCR, “microarray”). Povezivanje gubitka genomskog upisa i lokalnog imunološkog odgovora je u potpunosti nov pristup istraživanju molekularne baze nastanka zloćudnih tumora.