Onečišćenje okoliša ugrožava kvalitetu vodenih ekosustava. Posljedice mogu biti promjene zdravstvenog stanja akvatičkih organizama.

Fiziološke/anatomske promjene organizama ili biocenoze u vodi predstavljaju bolest uzrokovanu poremećajem fizikalnih, kemijskih i/ili bioloških parametara te njihovih međusobnih kombinacija.

Istraživanja su vođena na slatkovodnim i morskim vodenim ekosustavima i to na rijekama Sutli, Matici, Uni, Gackoj, Lici, Korani, Kupi, Dobri, Mrežnici i Dravi. Na Jadranu se istraživalo na uzgajalištima lubina na Pelješcu, Ugljanu i Limskom kanalu te tovilištu tuna kod otoka Zverinca.

Osim standardnih terenskih i laboratorijskih metoda, za detekciju i karakterizaciju ribljih virusa, bakterija i parazita, korištene su metode temeljene na lančanoj reakciji polimerazom (PCR). Primjenom ovih metoda ubrzao se dijagnostički postupak i povećala osjetljivost detekcije patogena.

U slatkom i morskom akvatoriju detaljno se pratila fizikalno-kemijska, biološka (plankton i bentos) i mikrobiološka kakvoća vode te uspostavljala korelacija s promjenama kod akvatičkih organizama.