Istraživačko-razvojni projekt čija sredstva su osigurana u sklopu poziva 'Jačanje kapaciteta za istraživanje, razvoj i inovacije' (IRI) iz Europskoga fonda za regionalni razvoj. 

Akvakultura školjkaša jedan je od najbrže rastućih gospodarskih sektora proizvodnje hrane, zbog globalnog porasta potražnje za plodovima mora. Optimalni uvjeti okoliša u Jadranu osiguravaju gotovo idealne uvjete za akvakulturu školjkaša. Tradicionalni način uzgoja školjkaša u području istočnog Jadrana odvija se u cijelosti u prirodnoj sredinizbog čega je potpuno ovisan o uvjetima uzgojne sredine. Pogodna područja za uzgoj su u području plime i oseke, unutar estuarija i zaštičenih zaljeva. Obala Jadrana karakterizirana je velikom prostornom i vremenskom raznolikošću hidroloških uvjeta i razine hranjivih tvari kao i rizikom zbog donosa antropogenih zagađivala s kopna. Navedeni čimbenici stresa, pojedinačno ili u kombinaciji, mogu direktno utjecati na cjelokupno fiziološko stanje školjkaša i posljedično njihovu sposobnost obrane od patogena i nerezidentnih mikroba. Bakterije roda Vibrio koje se prirodno javljaju u vodenom stupcu, povezane su sa epidemijama bolesti u akvakulturi i mogu se prenositi na višu trofičku razinu infekcijom otvorenih rana ili konzumacijom kontaminirane sirove ili nedostatno termički obrađene morske hrane. Trenutno dostupni podatci o mikrobnoj zajednici školjkaša i o podložnosti ovih organizama potencijalno patogenim bakterijama su sporadični i zastarjeli za područje istočnog Jadrana. Nadalje, obalna područja mogu biti izložena vremenskim poremećajima različite učestalosti i intenziteta, poput iznenadnih obilnih padalina ili toplog/ hladnog vala. Ekstremne varijacije vremenskih uvjeta pripisuju se globalnom zatopljenju. Ipak, još je uvijek nepoznato hoće li i do koje mjere intenziviranje klimatskih promjena predviđeno u bliskoj budućnosti imati učinak na akvakulturu unutar osjetljivih ekosustava kao što suuzduž istočne obale Jadrana. Zbog svega navedenog, daljnje povećanje produktivnosti i održivost jadranske akvakulture zahtijeva obuhvatnije znanje o međudjelovanju uzgojnog okoliša i komercijalno važnih školjkaša. U tom smislu, od iznimne važnosti biti će razumijevanje načina na koji lokalne promjene okolišnih uvjeta, bilo prirodne ili antropogene, utječu na sposobnost školjkaša da neutraliziraju fiziološki stres i odupru se bakterijskoj infekciji. Navedeni  aspekt će imati sve veću važnost u bliskoj budućnosti, zbog mogućeg nepovoljnog učinka globalnih klimatskih promjena u kombinaciji sa sve intenzivnijim antropogenim pritiscima koji se očekuju u obalnom području Jadrana.

Većina studija o mikrobnoj ekologiji vodenog okoliša usredotočena je na odvojene dijelove vodenog ekosustava. Našim projektom predlažemo opsežnu studiju bakterijske zajednice u vodenom stupcu, sedimentu i ribama kao pokazateljima zdravstvenog stanja vodenog okoliša te njegovih mogućih implikacija na ljudsko zdravlje.

Laboratorij već niz godina od 2002.g provodi monitoring na slatkovodnim područjima u Hrvatskoj te raspolaže sa mnoštvom podataka. Daljnji rad  na ovm ribolovnom području nastavlja i proširuje određene aspekte koji će utvrditi i zaokružiti cjelokupnu, realniju sliku.

Onečišćenje okoliša prouzročeno razvojem industrije, poljoprivrede te povećanjem otpada, ugrožava kvalitetu vodenih ekosustava. Posljedice mogu biti promjene zdravstvenog stanja akvatičkih organizama. Stoga zdravstveno stanje tih organizama služi kao pokazatelj onečišćenja ekosustava. Patofiziološko/patoanatomsko stanje određenog organizma ili biocenoze u vodi predstavlja promjenu uzrokovanu poremećajem fizikalnih, kemijskih i/ili bioloških parametara te njihovih međusobnih kombinacija. Istraživanja tijekom projekta usmjerena su na slatkovodne i morske vodene ekosustave.