DNAPRO - Razumijevanje popravka unakrsnog vezanja DNA-Protein in vivo koristeći zebricu kao istraživački model

Kategorija

Projekti Hrvatske zaklade za znanost

Datum početka

1.2.2018.

Datum završetka

31.1.2023.

Status

Završen

Više informacija

Projektni resursi

Genetski modificirane linije ribe zebrice stvorene u okviru DNAPRO projekta koristeći CRISPR/Cas editiranje genoma su:

(1) ACRC^{ΔEMCH/ΔEMCH}

(2) ACRC^{Δ472-586/Δ477-586}

(3) TDP1^{Δ45-616/Δ53-616}

(4) TDP2a^{Δ244-449/ Δ244-449}

(5) TDP2a ^{ΔE232/ ΔE232}

(6) TDP2b^{Δ266-383/Δ266-383}

(7) Osim navedenih, u procesu je izrade XPA-/- linija koja je trenutno u heterozigotnom stadiju.

Optimizirani su slijedeći novi protokoli i modifikacije objavljenih metoda

Sustavi za utišavanje 9 gena zebrice pomoću morfolino metode (sprtn, mre11, p97a, p97b, tdp1, tdp2a, tdp2b, acrc i xpa).
Metoda izolacije DPC-ova pomoću KCl/SDS precipitacije iz embrija zebrice
Metoda izolacije DPC-ova pomoću RADAR (Rapid Adduct Recovery)-a iz staničnih linija čovjeka i embrija zebrice
Optimizirani su uvjeti za simultano utišavanje DPCR faktora u staničnoj liniji RPE1 pomoću siRNA: Tdp1 i Sprtn, Tdp2 i Sprtn, Tdp1 i Tdp2, Xpa i Sprtn
Metoda detekcije TOP1, histone H3 I TOP2 DPC-ova