Znanstvena istraživanja Laboratorija su usmjerena na četiri ključna istraživačka pravca:

• istraživanja razvoja i širenja antimikrobne rezistencije u vodenom i kopnenom okolišu kao i inžinjerskim sustavima (uređaji za pročišćavanje otpadnih voda)
• istraživanja usmjerena na razumijevanje utjecaja klimatskih promjena na poljoprivredu
• razumijevanje mehanizama mikrobnih transformacija organskih okolišnih zagađivala 
• istraživanja odgovora mikrobnih zajednica kao bioindikatora na različite prirodne i antropogene promjene u okolišu