Praćenje antimikrobne rezistencije analizom podzemnih voda (ARES)
Glavni istraživač
Antimikrobna rezistencija (AMR) jedna je od najvećih prijetnji ljudskom zdravlju i zahtijeva integrirani pristup One Health za temeljito istraživanje i kontrolu. Međutim, nadzor AMR-a kod bakterija ograničen je na kliničko okruženje kako u Hrvatskoj tako i u svijetu, dok se malo pozornosti posvećuje okolišu. Unatoč važnoj ulozi podzemne vode kao izvora opskrbe pitkom vodom, njezin doprinos globalnoj AMR krizi još je uvelike neistražen. Kako bi popunio ovu prazninu, projekt ARES usvojit će holistički, interdisciplinarni pristup za istraživanje rezistoma, mikrobioma i mobiloma četiri izvorišta podzemne vode koji se koriste za vodoopskrbu u Hrvatskoj. Primijenit ćemo metode neovisne o uzgoju mikroorganizama kao što su qPCR čipovi u kombinaciji sa sekvenciranjem amplikona 16S rRNA gena kako bismo istražili rezistom i mikrobiom podzemne vode kroz različite sezone. To će nam omogućiti procjenu vremenskih trendova u raznolikosti i brojnosti mikrobioma i rezistoma u proučavanim izvorištima. Osim toga, koristit ćemo pristupe ovisne o uzgoju za procjenu AMR profila klinički važnih patogena (Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumanii, Pseudomonas aeruginosa i Enterococcus spp.) koje ćemo izolirati iz podzemnih voda. Primjenom metode sekvenciranja cijelog genoma, istražit ćemo molekularne mehanizme rezistencije i potencijalnu patogenost ovih izolata. Naposljetku, hvatanje rezistentnih plazmida direktno iz bakterija podzemne vode u E. coli i njihovo naknadno potpuno sekvencioniranje bit će presudno za donošenje zaključaka o potencijalnoj razmjeni AMR-a između okolišnih rezervoara i ljudske populacije. Vjerujemo da će dobivena saznanja pružiti važne uvide za razvoj strategija upravljanja usmjerenih na smanjenje pojave i širenja AMR-a putem rezervoara pitke vode.